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04/03/2014

Le danger vient de l'Est (Au secours !)

lu sur Le Temps (Suisse) :

 

Après 30 000 ans dans le sol gelé de Sibérie, «Pithovirus» s’est avéré capable d’infecter son hôte de prédilection, l’amibe. Doit-on craindre que des microbes dangereux pour les humains reviennent à la vie?

BIOLOGIE Mardi 04 mars 2014

Pascaline Minet

La famille des virus géants s’agrandit encore: après Mimivirus et Pandoravirus découverts ces dernières années, Pithovirus sibericum a été décrit lundi par des scientifiques français et russes dans la revue PNAS . Presque aussi gros qu’une bactérie, ce virus était emprisonné dans un morceau de sol gelé (ou permafrost) issu de Sibérie et vieux de 30 000 ans. Malgré ce grand âge, Pithovirus s’est avéré capable d’infecter son hôte, une amibe, lors d’une expérience en laboratoire. De quoi susciter l’inquiétude de ses découvreurs, qui estiment que d’autres pathogènes potentiellement dangereux pour l’être humain pourraient émerger du permafrost.

Le premier virus dit «géant» a été découvert il y a dix ans par des chercheurs marseillais dans un système de climatisation en Angleterre. Nommé Mimivirus pour «Mimicking microbe virus», c’est-à-dire «virus imitant un microbe», il parasitait des organismes unicellulaires appelés amibes communes. Ces dernières années, d’autres virus géants, dont les Pandoravirus, ont été identifiés dans des milieux variés, allant de la vase au fond d’une mare australienne à des sédiments profonds situés au large du Chili.

Le principal point commun entre ces virus est leur grande taille: avec un diamètre supérieur à un demi-micromètre, ils sont visibles au microscope optique traditionnel, et ressemblent davantage à des bactéries qu’à des virus classiques. Par rapport à ces derniers, ils possèdent également un important bagage génétique. A titre d’exemple, un Pandoravirus peut renfermer jusqu’à 2500 gènes, quand un virus courant comme celui d’une grippe n’en contient que quelques dizaines.

Tous les virus ont besoin d’un hôte pour se reproduire: cellule animale ou végétale, bactérie… Dans le cas des virus géants identifiés jusqu’ici, il s’agit de l’amibe. Hors de leur cellule hôte, les virus se présentent sous la forme de particules inertes et peuvent demeurer à l’état dormant pendant de longues périodes, comme les graines des plantes. Une fois qu’ils ont infecté leur hôte, ils en détournent la machinerie cellulaire afin de se multiplier, ce qu’ils sont incapables de faire par eux-mêmes. 

Les chercheurs qui ont mis la main sur Pithovirus ne sont pas tombés dessus par hasard: leur laboratoire est à la pointe de la recherche de virus géants inconnus. Ils explorent pour cela différents types d’environnement qui leur semblent prometteurs. «Depuis que des scientifiques russes sont parvenus, l’année dernière, à faire germer une graine de plante conservée dans du permafrost vieux de 32 000 ans, nous supposions que des particules de virus pourraient aussi être préservées dans ce type d’environnement», relate Chantal Abergel, de l’Université française Aix-Marseille, l’une des auteurs de l’étude parue dans PNAS .

En collaboration avec une équipe russe, la biologiste et ses collaborateurs se sont donc procuré une portion de sol gelé depuis environ 30 000 ans, issu de l’extrême nord-est sibérien. Puis ils ont mis des échantillons de ce permafrost en contact avec l’hôte favori des virus géants, l’amibe. L’appât a fonctionné: certains des pauvres unicellulaires ont effectivement été infectés et ont péri. Des analyses ont alors montré que le coupable était un virus géant d’un type inconnu.

Baptisé par les chercheurs Pithovirus en raison de sa forme d’amphore («pithos» est un nom grec donné à un certain type d’amphores), le nouveau venu a un diamètre de 0,5 micron et une longueur de 1,5 micron, ce qui en fait un des plus grands virus jamais observés. Les biologistes ont d’abord cru qu’ils avaient affaire à une variété de Pandoravirus , car ceux-ci ont aussi une forme d’amphore. Mais l’analyse fine de son génome a montré que Pithovirus appartenait à une tout autre famille. En dépit de sa grande taille, il ne contient que quelques centaines de gènes, ce qui est peu pour un virus géant. Ce qui ne l’empêche pas d’être plus autonome par rapport aux outils cellulaires de l’amibe que les Pandoravirus , par exemple. «La découverte de Pithovirus suggère que la diversité des virus géants est bien supérieure à ce qu’on imaginait jusqu’à aujourd’hui», s’enthousiasme Chantal Abergel. 

«Ce qui est impressionnant, c’est que le virus a été assez bien préservé pour conserver sa capacité à se répliquer pendant des milliers d’années», s’étonne pour sa part Didier Trono, responsable du Laboratoire de virologie et génétique à l’EPFL. Doit-on craindre que d’autres microbes tapis dans les profondeurs du permafrost reviennent à la vie? C’est l’avis de Jean-Michel Claverie, co-découvreur de Pithovirus et également chercheur à l’Université Aix-Marseille: «Le réchauffement climatique et l’ouverture de nouvelles routes maritimes rendent envisageable le développement des activités minières dans les régions arctiques, ce qui va mettre un nombre croissant de personnes en contact avec un milieu nouveau, susceptible d’abriter des pathogènes.» Le scientifique pense en particulier au virus de la variole, éradiqué dans les années 1970, mais qui pourrait théoriquement subsister à l’état dormant dans le permafrost. «On sait, en tout cas, que la variole était active dans les régions sibériennes il y a 2000 ans», précise-t-il.-

«Le risque de mobiliser des virus lorsqu’on perturbe leur environnement existe effectivement, estime Didier Trono. C’est ce qui s’est produit avec le virus Ebola, qui a émergé lorsqu’on a défriché des pans de forêt tropicale jusqu’alors inviolée. Toutefois, il faut garder en tête que seul un petit nombre de virus sont dangereux pour l’être humain.»

Afin d’évaluer le danger, l’équipe marseillaise qui a découvert Pithovirus mène actuellement des analyses dites «métagénomiques» dans ses échantillons de permafrost, afin d’y rechercher les séquences génétiques de microbes connus. «Mais si nous y trouvons la trace de pathogènes potentiellement dangereux pour l’être humain, nous n’essaierons pas de les ressusciter comme nous l’avons fait avec Pithovirus», affirme Chantal Abergel.

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